Situé sur un chaînon argilo-calcaire orienté Est-Ouest faisant partie des "Petites Pyrénées", le village de Sepx jouit d'une exposition plein sud et d'une vue panoramique sur la chaîne des Pyrénées. L'altitude moyenne du village est de 420 mètres, le point culminant s'élevant à 491 m. La commune se situe dans le Comminges, à 12 km au Nord-Est de Saint-Gaudens, à environ 30 km des premières stations de ski et à un soixantaine de km de la frontière espagnole, par le Val d'Aran. La commune est délimitée au Nord par les communes d'Aulon et Cazeneuve-Montaut ; à l'Est par la commune de Proupiary; au Sud, par Castillon-de-Saint-Martory et à l'Ouest par Latoue. La commune de Sepx est membre de la Communauté de communes du canton de Saint-Martory ("3CSM"). Elle est également rattachée au Pays de Comminges.